Este tipo de situação pode ocorrer em produtos com variações, onde a loja irá considerar como destaque, sempre a variação que estiver disponível para venda.

Produtos com variações tem diversas opções de combinações entre si, exemplo:

Produto Camiseta/ tamanho M /cor azul

Produto Camiseta/ tamanho P/ cor amarela

Considerando que o tamanho M esteja disponível na cor azul, mas não na amarela, não podemos exibir no site que o produto em questão encontra-se indisponível até que o cliente informe em qual cor ou tamanho ele deseja.

Como o cliente saberá que alguma, ou todas, as variações desse produto encontra-se sem estoque ?
Dentro da página do produto desejado, o cliente deverá selecionar qual variação (tamanho, cor, medida, etc..) ele deseja.

Caso o produto e variação selecionada não esteja disponível, o cliente terá opção de preencher seu e-mail pedindo para que seja avisado de quando o produto retornar ao estoque.

Você receberá uma notificação em sua loja informando que o cliente solicitou ser comunicado sobre a disponibilidade de um produto X. Depois basta entrar em contato notificando-o , e realizar sua venda com sucesso!